<시빌 워: 어메이징 스파이더맨> 끝 장면에서 곧바로 스토리가 연결된다. 이 작품에 쏟아진 호응의 여파는 이후 외전격인 <프렌들리 네이버후드 스파이더맨>과 <센세이셔널 스파이더맨>의 발간으로 이어져 결국 2007년 1월부터 7월 사이 미국 현지에서 발간된 모든 스파이더맨 코믹스에는 블랙 코스튬을 입은 스파이더맨이 등장하게 되었다.

시빌 워 이후 킹핀이 고용한 암살자가 쏜 총에 맞아 메이 숙모의 생명이 위급한 상황에 이른다. 피터는 세상에 대한 증오와 복수심이 뒤섞여 봉인해 두었던 블랙 코스튬을 다시 꺼내 입는다. 그에게 블랙 코스튬이란 살인을 비롯한 범법행위를 저지르는 데 있어 아무런 거리낌이 없는 상태를 의미한다. 자신의 폭주가 두려워 봉인해 두었던 블랙 코스튬을 꺼내 입은 이상, 피터에게 남은 것은 피를 부르는 복수뿐이다. 이후 수단과 방법을 가리지 않고 뒤진 끝에 암살자를 찾아낸 파커는 이 모든 사건의 배후에 감옥에 수감 중인 자신의 숙적 킹핀이 있다는 사실을 알게 된다. 피터는 혼수상태에 빠진 메이 숙모와 불안에 떨고 있는 메리 제인을 병원에 남겨둔 채, 오로지 복수를 위해 킹핀이 수감되어 있는 교도소로 달려간다. 숨 막힐 정도로 박진감 넘치는 빠른 전개가 돋보이는 <스파이더맨: 백 인 블랙>. 피터와 킹핀의 싸움, 그리고 메이 숙모의 운명은 어떻게 될 것인가.